AI在生物制药领域具有很好的前景,未来希望做一些真正原创且能落地的成果出来,推动科研与产业化的融合发展。
——许锦波
许锦波教授,清华大学卓越访问教授、美国芝加哥丰田计算技术研究所教授、《Bioinformatics》编委。他毕业于中国科学技术大学计算机系,中国科学院计算技术研究所和加拿大滑铁卢大学,是美国麻省理工学院数学系和人工智能实验室博士后。许教授的研究兴趣包括人工智能和机器学习、优化算法和计算生物学。他于 2016 年首次证明了深度学习可以大幅度提高蛋白质结构预测的性能,引领了人工智能在蛋白质结构预测领域的突破。许教授曾获美国斯隆研究奖、美国自然科学基金早期职业奖、《PLoS Computational Biology》创新突破奖、国际计算生物学顶级会议 RECOMB 最佳论文奖和时间检验奖 (Test-of-Time Award),并多次接受英美杂志如《纽约时报》、《经济学人》、《财富》、《自然》 和《科学》的采访。许教授也是2021年未来科学大奖论坛的主讲嘉宾,2021年北京大学顶尖讲学者和2022年在瑞典的诺贝尔论坛特邀嘉宾。
许锦波教授是AI蛋白质折叠技术领域的顶级科学家,被誉为“AI预测蛋白质结构全球第一人”。然而,将AI用在蛋白质结构预测的研究的过程却一波三折,十分漫长。
早在攻读博士学位期间,许教授就在导师的影响下开始用传统的算法研究蛋白质折叠问题,并于2002年在全球蛋白质结构预测比赛CAFASP夺得了冠军。然而,许教授当时意识到,传统算法也许不是蛋白质折叠问题的最优解。2006年,神经网络研究领域领军者Hinton率先提出了神经网络“深度学习”(Deep Learning)算法,使神经网络的能力大幅提升,也是在这一年,许教授开始将机器学习应用到蛋白质结构预测研究中。不过因为当时的模型优化效果有限,用机器学习做蛋白质结构研究依然是一个很冷清的领域,很多人因看不到未来而改变了研究方向。
尽管研究前景不明朗,许锦波教授仍然坚持深耕于这一研究领域,致力于不断缩小蛋白质结构预测结果和真实构型之间的差距。终于在2014年,许教授团队使用AI算法提高了蛋白质二级结构预测,2016年许教授基于ResNet开发出RaptorX-Contact方法,首次证明了深度学习方法在预测蛋白质三维结构中的无限潜力和可能性。
一路走来,许锦波教授看到了从基于序列的研究到基于结构的研究的转变,以及这种研究范式的变化为生命科学领域带来巨大的变化和长足进步。同时他也表示:“这个领域仍然有许多问题需要解决,未来希望能够做出更多真正有用的成果出来。”
当下,生命科学与生物医药领域正在步入数字化3.0时代,以人工智能技术为核心的第四次工业革命,将撬动更多传统行业创新的想象空间。而AIR的“AI+生命科学”方向的研究,正是致力于以人工智能和数据驱动的第四科学研究范式,辅助人类探索并解决生命健康问题,推动生物医药产业更安全、更经济、更普惠、更公平。
这与许锦波教授的看法不谋而合。在许教授看来,AI在生命科学研究领域所能创造的产业价值还未被完全发掘。如果要继续推进人工智能的广泛应用,“产学研用”一体化是值得推崇一条路径。许教授表示:“目前国家对‘AI for Science’给予了高度关注,政策的制定和投资的倾斜也为‘AI for BioTech’创造了良好的发展条件,我希望在这样的环境中做出产业化价值高且能落地的成果出来。”未来,AIR将和许教授共同推动人工智能赋能生命科学与生物医药领域,为实现AI赋能生命科学贡献力量。
2021年底,许锦波教授曾到访AIR,深入了解AIR的智慧医疗方向的研究。他对于AIR以AI赋能产业的发展模式给予了充分肯定,也希望未来能够在这里与AIR的科学家们一起展开更深度的合作,推动更多有价值的科研成果落地。
同时,许锦波教授也谈到,做“AI+生命科学”交叉领域的研究会遇到一些困难与挑战,对生物学知识的掌握和与生物学家沟通协作都需要一定的时间学习、磨合,而作为研究人员,抓住核心问题并探索研究真正的意义是十分重要的。
在复合型人才的培养上,许教授看到AIR在人才储备方面的优势和潜力。“AIR有许多年轻人,他们朝气蓬勃且愿意不断探索,这是值得鼓励的。”同时,为培养跨界人才,缩小人工智能与生命科学、生物医药领域存在较大的知识鸿沟,AIR还提出“AI+生命科学破壁计划”,目标是定义AI+生命科学领域的核心前沿研究任务,打破壁垒,促进AI与生命科学的深度交叉融合,加速科学发现。未来,AIR也将在数字化、自动化和智能科学计算的新变革中抓住未来巨大的科学发展与产业创新的新机会,助力人类解决生命健康问题,推动社会进步。
除了许锦波教授外,AIR已经吸引了众多国内外人工智能研究领域顶尖专家加入,如前百度总裁张亚勤、前字节跳动副总裁马维英、前海尔CTO赵峰等。各位研究者也期待能与AIR携手并进,做出卓越的科研贡献,推动技术创新,实现核心技术的产业落地,为国家、社会与人民创造杰出价值。
撰文 / 魏欣葳
编辑排版 / 魏欣葳
校对责编 / 黄妍